ในปีพุทธศักราช 2519 ได้มีการเจรจากันระหว่างผู้อำนวยการกองฝึกอบรม กระทรวงสาธารณสุข (นายแพทย์กิตติ ตนัคคานนท์) และรองคณบดีฝ่ายวิชาการ คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย (ศาสตราจารย์พิเศษ นายแพทย์ทองจันทร์ หงส์ลดารมภ์) เรื่องการผลิตแพทย์เพื่อรับใช้ชาวชนบท โดยกระทรวงสาธารณสุขมีความประสงค์จะให้แพทย์ทำงานในชนบทมากขึ้น จึงได้มีหนังสือจากปลัดกระทรวงสาธารณสุขถึงอธิการบดีจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยในขณะนั้น (ศาสตราจารย์กิตติคุณเติมศักดิ์ กฤษณามระ) ขอความร่วมมือให้จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยร่วมผลิตแพทย์เพิ่ม โดยรับ นิสิตจากต่างจังหวัดเพื่อจะได้กลับไปทำงานยังภูมิลำเนาของตน

จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยได้พิจารณาเรื่องนี้แล้วเห็นว่าควรจะร่วมมือกับกระทรวงสาธารณสุข ช่วยผลิตแพทย์ดังกล่าว โดยอาศัยแนวคิด 2 ประการคือ

• จะต้องจัดหลักสูตรเน้นหนักทางชนบท และการเรียนในชนบท เพื่อแก้ปัญหาของชนบท ในกรณีนี้การเรียนภาคคลินิก จำเป็นต้องจัดทำในโรงพยาบาลต่างจังหวัดโดยตลอด
• ควรใช้โรงพยาบาลของกระทรวงสาธารณสุขเพื่อเป็นสถานที่เรียน และอาศัยแพทย์และบุคลากรอื่นของโรงพยาบาลเหล่านั้น เป็นผู้สอนซึ่งเป็นวิธีที่มีความสิ้นเปลืองน้อย โดยใช้ทรัพยากรบุคคลที่มีอยู่แล้ว

ต่อมากระทรวงสาธารณสุข และจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยได้จัดประชุมเมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม พุทธศักราช 2520 และได้รับอนุมัติให้ดำเนินการจากคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 21 มีนาคม พุทธศักราช 2521[1] จากนั้นจึงได้มีการจัดตั้งคณะกรรมการพิจารณาดำเนินการ ซึ่งมีประธานร่วม ได้แก่ อธิการบดีจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย (ศาสตราจารย์กิตติคุณ เติมศักดิ์ กฤษณามระ) และรองปลัดกระทรวงสาธารณสุข (นายแพทย์อมร นนทสุต) และมีคณะกรรมการจากทั้ง 2 ฝ่าย ร่วมอยู่ด้วย

คณะกรรมการชุดนี้ ได้ดำเนินการพิจารณาแผนงาน โดยเสนอชื่อโครงการว่า “โครงการส่งเสริมการศึกษาแพทย์สำหรับชาวชนบท ของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และกระทรวงสาธารณสุข” (Medical Education for Students in Rural Area Project-MESRAP) ได้วางโครงร่างการดำเนินการ และแต่งตั้งคณะอนุกรรมการ 4 คณะ คือ คณะอนุกรรมการพิจารณาเกณฑ์การคัดเลือกนิสิต คณะอนุกรรมการจัดทำหลักสูตร คณะอนุกรรมการแลกเปลี่ยนบุคลากร และคณะอนุกรรมการพิจารณาคัดเลือกสถานที่[2] คณะอนุกรรมการทั้ง 4 คณะ ได้ดำเนินการพิจารณาโครงสร้างและเกณฑ์ต่าง ๆ ที่ได้รับมอบหมาย โดยมีกองฝึกอบรม กระทรวงสาธารณสุข และสำนักงานคณบดี คณะแพทยศาสตร์จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยเป็นผู้ประสานงานโดยได้พิจารณาคัดเลือกโรงพยาบาลพระปกเกล้า จังหวัดจันทบุรี เป็นศูนย์การศึกษาภาคคลินิกของคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และได้มีพิธีเปิด “ศูนย์การศึกษาแพทยศาสตร์คลินิก โรงพยาบาลพระปกเกล้า ” เมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม พุทธศักราช 2525 โดยมีรัฐมนตรีว่าการกระทรวง สาธารณสุขเป็นประธาน เริ่มจัดการเรียนการสอนนิสิตแพทย์รุ่นที่ 1 (หลักสูตรเก่า) และรุ่นที่ 2 (หลักสูตรใหม่) จำนวน 21 คน ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2525 เป็นต้นมา

เนื่องจากคาดว่า จำนวนนิสิตจะเพิ่มมากขึ้นเป็นปีละ 40 คน ทำให้อาจเกิดปัญหาด้านการฝึกอบรมภาคคลินิกจึงจำเป็นต้องขยายศูนย์การศึกษาภาคคลินิกเพิ่มขึ้นอีก 1 แห่ง โดยเมื่อพิจารณาแล้วเห็นว่าโรงพยาบาลชลบุรีเป็นโรงพยาบาลที่พร้อมในด้านการบำบัดรักษาผู้ป่วยจำนวนมาก บุคคลที่เป็นกำลังสำคัญได้แก่ นายแพทย์สุจินต์ ผลากรกุล และ นายแพทย์ปัญญา สอนคม ผู้อำนวยการโรงพยาบาลชลบุรี ในช่วงพุทธศักราช 2519-2524 และ2524-2529 ตามลำดับ นายแพทย์ หม่อมราชวงศ์แก้วแกมทอง ทองใหญ่ หัวหน้าฝ่ายวิชาการซึ่งมีส่วนร่วมในการจัดทำ, วิเคราะห์ พัฒนา ปรับปรุงหลักสูตรและการดำเนินงานมาตั้งแต่ปี พุทธศักราช 2522

นิสิตแพทย์รุ่นแรกจำนวน 9 คน ได้เริ่มมาศึกษาชั้นคลินิก ณ โรงพยาบาลชลบุรีเมื่อ พุทธศักราช 2528 โดยคณบดีคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยในขณะนั้น (ศาสตราจารย์กิตติคุณ นายแพทย์จรัส สุวรรณเวลา) เป็นประธานในพิธีปฐมนิเทศ ต่อมาอีก 1 ปี สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินมาทรงประกอบพิธีเปิด ศูนย์การศึกษาแพทยศาสตร์คลินิก โรงพยาบาลชลบุรี อย่างเป็นทางการ ในวันที่ 15 กรกฎาคม พุทธศักราช 2529

ในปี พ.ศ. 2537 กระทรวงสาธารณสุขได้ตั้ง โครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท (the Collaborative Project to Increase Production of Rural Doctor-CPIRD) [3] โดยใช้โรงพยาบาลศูนย์ในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขเป็นที่จัดการเรียนการสอนในชั้นคลินิกร่วมกับมหาวิทยาลัยต่างๆที่เปิดทำการสอนในสาขาแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลชลบุรีได้เข้าร่วมโครงการนี้โดยเป็นสถาบันสมทบของคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย โดยได้สร้างอาคารเรียนขึ้นใหม่ และจัดตั้งศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิกขึ้น ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2541

ปัจจุบันศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลชลบุรี ดูแลรับผิดชอบการผลิตแพทย์ร่วมกับคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยในโครงการต่างๆ อาทิ โครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท โครงการทุนกระจายแพทย์หนึ่งอำเภอหนึ่งทุนและโครงการลงทุนขนาดใหญ่ภาครัฐด้านสาธารณสุข โดยนิสิตแพทย์ในโครงการต่างๆจะศึกษาในชั้นปรีคลินิก ณ คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยและกลับมาศึกษาในชั้นคลินิก ณ โรงพยาบาลชลบุรีก่อนสำเร็จการศึกษานิสิตแพทย์ทุกคนจะต้องสอบเพื่อปริญญาแพทยศาสตรบัณฑิต (MDCU Comprehensive examination) เมื่อสอบผ่านจะได้รับปริญญาแพทยศาสตรบัณฑิตของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และต้องสอบเพื่อใบประกอบวิชาชีพเวชกรรม (ศรว.) ที่จัดโดยแพทยสภา